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개원 첫해 세무: 면세·사업장현황신고·종합소득세

개원 첫해에 면세 진료여도 해야 하는 사업자등록, 다음 해 2월 사업장현황신고와 5월 종합소득세 신고, 사업용계좌와 장부 준비를 순서대로 정리했습니다.

작성·발행: 클리닉웍스

마지막 수정일:

짧은 답

개원한 해의 의원 소득은 다음 연도 5월 1일부터 5월 31일까지 종합소득세로 신고하고, 성실신고확인서를 내는 경우에는 6월 30일까지 신고합니다. [1] 그보다 먼저 다음 연도 2월 10일까지 사업장현황신고로 수입 현황을 알립니다. 다만 겸영사업자가 부가가치세 신고 때 면세사업 수입금액 등을 신고하면 해당 면세사업의 사업장현황신고를 한 것으로 봅니다. 현황신고를 했다고 종합소득세 신고가 끝나는 것은 아닙니다. [2] 첫해에 적자가 났더라도 종합소득세 확정신고 대상에서 빠지지 않습니다. [3]

면세 진료만 하면 사업자등록은 안 해도 되나요?

해야 합니다. 부가가치세 면세와 사업자등록 의무는 서로 다른 판단입니다. [4]

  • 의원 개설은 시장·군수·구청장에게 신고하고, 사업자등록은 관할 세무서에 신청합니다. [4]
  • 사업자등록은 사업 개시일부터 20일 이내에 신청하며, 개시일 전에도 신청할 수 있습니다. [4]
  • 비급여라고 해서 모두 부가가치세가 붙는 것은 아닙니다. 코성형수술·제모술·항노화치료술처럼 시행령에 열거된 진료만 면세에서 빠집니다. [5] 진료과 이름이 아니라 실제 제공하는 진료로 판단하므로 내과·이비인후과도 항목별로 확인합니다. [5]
  • 면세 진료에 쓰는 장비·공사의 매입 부가가치세는 공제받지 못하므로 환급을 예상 수입으로 잡지 않습니다. [6]

첫해에 놓치기 쉬운 장부·계좌 의무는 무엇인가요?

의료업은 신규 개원이거나 수입이 적어도 간편장부 대상이 아니어서 첫해부터 복식부기로 장부를 써야 합니다. [7]

  • 사업용계좌는 사업 대금 결제와 인건비·임차료 지급에 써야 합니다. [6]
  • 개업과 동시에 복식부기의무자가 되고 신고한 계좌가 없다면, 2026년 개원 기준으로 2027년 6월 30일까지 세무서에 신고합니다. [6]
  • 계좌를 신고하지 않으면 가산세가 있고, 중소기업 특별세액감면도 적용되지 않을 수 있습니다. [6] [8]
  • 계좌이체 내역만으로는 법정 증빙을 갖춘 것이 아니므로 세금계산서·계산서·카드전표·현금영수증을 받아 둡니다. [9]
  • 일반의원은 현금영수증 의무발행업종이어서 부가가치세 포함 건당 거래금액이 10만 원 이상이고 대금을 현금으로 받으면 환자가 요청하지 않아도 발급합니다. [10]

첫해 세무 일정은 어떻게 잡나요?

시기할 일근거
급여 지급 다음 달 10일원천징수한 소득세 납부, 개인지방소득세 특별징수분 납부[1]
다음 연도 2월 10일사업장현황신고(휴폐업한 해도 포함). 다만 겸영사업자가 부가가치세 신고 때 면세사업 수입금액 등을 신고하면 해당 면세사업의 사업장현황신고를 한 것으로 봅니다.[2]
다음 연도 3월 10일일반 근로소득 지급명세서 제출(일용근로소득·휴폐업 시 제외)[1]
휴폐업한 달의 다음다음 달 말일휴폐업 시 일반 근로소득 지급명세서 제출[1]
지급일이 속하는 달의 다음 달 말일일용근로소득 지급명세서 제출(휴폐업 시에는 휴폐업한 달의 다음 달 말일까지 제출합니다.)[1]
다음 연도 5월 1일~31일종합소득세 확정신고, 개인지방소득세 신고·납부[1]
다음 연도 6월 30일성실신고확인서를 내는 경우의 종합소득세 신고 마감[1]

법정 기한이 토요일·일요일이나 공휴일이면 다음 날이 기한입니다. [1] 과세 진료가 있는 겸영 의원은 부가가치세 확정신고(상반기분 7월 25일, 하반기분 다음 연도 1월 25일)를 더합니다. [1]

사업장현황신고는 무엇을 맞춰야 하나요?

업종별 수입금액과 결제수단별 내역을 신고합니다. [2] 수입 종류(보험 청구분·본인부담분)와 결제수단(카드·현금)을 따로 집계하고, 수입은 통장 입금일이 아니라 금액이 확정된 날을 기준으로 해당 연도를 정합니다. [2] 의료업은 빠뜨리거나 적게 신고한 수입금액의 1천분의 5가 가산세이며, 계산된 소득세가 없어도 적용됩니다. [2]

종합소득세는 어떻게 계산되나요?

총수입금액에서 필요경비를 빼 사업소득금액을 구하고, 봉직 급여 같은 다른 소득과 합친 뒤 소득공제를 적용해 과세표준을 정합니다. [3] 세율은 구간별 누진 구조여서 높은 구간 세율을 과세표준 전체에 곱하지 않습니다. [3] 원장 생활비 같은 가사 경비는 필요경비가 아니고, 가족 급여는 실제 업무 기록으로 설명할 수 있어야 합니다. [9]

  • 보건업은 해당 연도 수입금액이 5억 원 이상이면 성실신고확인 대상이며, 순이익이 아니라 수입금액으로 판단합니다. 이 기준의 수입금액에서는 법에서 정한 사업용 유형자산 양도 수입을 제외합니다. [11]
  • 창업중소기업 세액감면의 업종 목록에는 보건업·의료업이 없습니다. [8] 중소기업 특별세액감면은 의원이 요양급여비용 비율 80% 이상, 종합소득금액 1억 원 이하일 때만 해당합니다. [8]
  • 장비·비품의 내용연수와 감가상각방법은 개원한 해의 종합소득세 확정신고기한까지 신고합니다. [12]

공동개원이라면 공동사업장 소득을 먼저 계산한 뒤 약정한 손익분배비율로 나눕니다. [13] 개별 공제·감면 적용과 과세·면세 판정은 세무사 확인이 필요합니다. [8] [5]

신고 뒤 오류를 찾으면 어떻게 하나요?

적게 신고했다면 수정신고를, 많이 신고했다면 법정신고기한 후 5년 이내에 경정청구를 합니다. [14] 법정신고기한까지 신고한 뒤 법정신고기한 후 1개월 이내에 수정신고하면 과소신고가산세의 90%를 감면받습니다. 다만 경정할 것을 미리 알고 수정신고한 경우는 감면에서 제외합니다. [14] 장부와 증거서류는 법정신고기한이 지난 날부터 원칙적으로 5년간 보존합니다. [14]

다음에 할 일

  1. 개설신고와 사업자등록을 준비 노트에서 별도 항목으로 나누고 사업 개시일을 정합니다.
  2. 계획한 진료 목록에 급여·비급여 칸과 과세·면세 칸을 따로 두고 세무사에게 판정을 받습니다.
  3. 사업용계좌를 만들고 세무서 신고 여부를 별도로 표시합니다.
  4. 위 표의 일정을 달력에 넣고, 세무사에게 자료를 넘길 내부 마감일을 법정 기한보다 앞에 둡니다.
  5. 매월 수납·청구·카드·통장 자료를 대조해 차이 원인을 적어 둡니다.
  6. 세무사 견적은 기장·신고·성실신고확인을 나눠 받습니다. [15]

함께 읽을 교과서 절

더 해 볼 수 있는 것

  • 개원 손익 계산에서 예상 매출·운영비를 넣어 첫해 손익을 미리 계산해 볼 수 있습니다.