3.3.3 공동사업자 등록·손익분배·변경 관리

원문 대조·이중 검수 2026-11-01

요약

공동사업장 소득을 계산한 뒤 약정한 비율로 배분하고, 대표자·구성원·분배율 변동을 관리해요. ^{1, 2}

꼭 기억할 것

• 공동사업 소득은 약정 손익분배비율로 나누고, 약정이 없으면 지분비율로 나눠요. ¹
• 공동사업자의 구성원이나 출자지분이 바뀌면 지체 없이 사업자등록 정정신고서를 제출해야 해요. ¹³
• 탈퇴 조합원의 지분은 탈퇴 당시 조합재산 상태를 기준으로 계산해요. ⁹

출자·대표·업무 권한을 나눠 기록해요

민법상 조합은 서로 출자해 공동사업을 경영하기로 약정하면 성립해요. ⁵

출자는 금전뿐 아니라 재산이나 노무로도 할 수 있어요. ⁵

작성 제안: 공동개원 계약에는 출자 내역, 손익분배비율, 대표자, 진료와 경영 역할을 구분해 적어 두세요.

의사는 의료법이 정한 의료기관 개설 주체에 해당해요. ¹²

작성 제안: 공동사업 세무 등록과 의료기관 개설 요건을 따로 대조해요.

출자공동사업자는 경영에 참여하지 않고 출자만 하는 사람이되, 공동사업에 성명·상호를 사용하게 한 사람이나 채무에 무한책임을 지기로 약정한 사람은 제외해요. ⁴

대표공동사업자는 출자공동사업자 외의 공동사업자 중 선임된 사람이에요. ³

선임하지 않으면 손익분배비율이 가장 큰 사람이 되고, 그 비율도 같으면 사업장 관할 세무서장이 결정해요. ³

민법상 업무집행자를 계약으로 정하지 않았다면 조합원 3분의 2 이상 찬성으로 선임해요. ⁶

작성 제안: 세무 신고 대표와 계약상 의사결정 권한은 구분해서 표현해요.

조합의 업무집행은 조합원 과반수로 결정하고, 업무집행자가 여럿이면 그 과반수로 결정해요. ⁶ 통상사무는 각 조합원 또는 업무집행자가 전행할 수 있지만, 완료 전에 다른 조합원 또는 업무집행자가 이의하면 즉시 중지해야 해요. ⁶

작성 제안: 통상사무는 일상적으로 처리하는 사무예요. 전행은 혼자 처리하는 것을 말해요.

지분과 손익분배율이 담당하는 일을 구분해요

소득세법은 공동사업장을 하나의 거주자로 보아 사업장별 소득금액을 계산해요. ¹

계산된 소득은 약정된 손익분배비율에 따라 공동사업자별로 배분해요. ¹

약정한 비율이 없을 때 지분비율을 적용해요. ¹

민법도 손익분배비율을 정하지 않으면 출자가액 비례를 적용해요. ⁷

이익이나 손실 중 한쪽 비율만 정했다면 양쪽에 공통된 것으로 추정해요. ⁷

작성 제안: 대표자의 인출금과 법정 소득배분 기준을 별도로 기록해요.

작성 제안: 원금 회수, 사업 비용 지급, 이익 분배는 장부에서 구분해 기록하세요.

공동사업장 관련 원천징수세액도 각자의 손익분배비율로 배분해요. ²

작성 제안: 단순히 대표자가 전체 세액을 가진 것으로 정리하지 않도록 주의하세요.

공동개원 등록 때는 공동사업자, 약정 손익분배비율, 대표공동사업자와 지분·출자명세 등을 신고해야 해요. ²

작성 제안: 내과와 이비인후과 의사가 함께 준비한다면 장비 출자와 실제 경영 참여 내용을 계약서의 서로 다른 항목에 적어 두세요.

작성 제안: 이는 계약 검토용 제안이며 진료과별 수익배분 비율을 제시하는 것은 아니에요.

공동사업자가 과세표준확정신고를 할 때는 공동사업장 소득과 그 밖의 소득을 구분한 계산서를 함께 제출해야 해요. ³ 대표공동사업자는 소득금액·가산세액·원천징수세액의 공동사업자별 분배명세서를 제출해야 해요. ³

가입·탈퇴 때 변경신고와 정산을 연결해요

공동사업자나 분배비율 등 신고내용이 달라지면 대표공동사업자가 변동 내용을 신고해야 해요. ²

소득세법은 부가가치세법의 사업자등록 규정을 준용해요. ^{10, 11}

공동사업자의 구성원이나 출자지분이 바뀌면 지체 없이 사업자등록 정정신고서를 제출해야 해요. ¹³

작성 제안: 손익분배비율만 바뀌는 경우는 이 열거와 구분하고 공동사업장등이동신고 규정을 함께 확인해요.

별도로 공동사업장등이동신고는 변동 사유가 생긴 과세기간 종료일부터 15일 이내로 정해져 있어요. ³

등록 정정신고 때 변동내용을 신고했다면 이동신고서를 제출한 것으로 봐요. ³

작성 제안: 이 기간을 정정신고 자체를 늦춰도 되는 유예기간으로 해석하지 않도록 주의하세요.

소득세 과세기간은 원칙적으로 1월 1일부터 12월 31일까지예요. ¹⁵

따라서 통상적인 연간 과세기간의 이동신고 기한 계산은 변동이 생긴 해의 12월 31일 + 15일 = 다음 해 1월 15일이에요. ^{3, 15}

거주자가 사망하면 사망일까지를 과세기간으로 해요. 주소나 거소를 국외로 옮겨 비거주자가 되면 출국일까지를 과세기간으로 해요. ¹⁵

작성 제안: 변경일을 기준으로 계약서 개정 내용, 출자 증감, 장비·채무 내역, 손익분배 자료를 함께 대조해 보세요.

장부와 사업자등록에서는 공동사업장을 하나의 사업자로 보는 규정이 있어요. ²

작성 제안: 구성원별 개인 지출과 공동사업장 거래가 섞이지 않게 자료를 구분하세요.

존속기간을 정하지 않았거나 조합원의 종신까지 존속하기로 한 조합은 언제든지 탈퇴할 수 있어요. ⁸ 다만 부득이한 사유 없이 조합에 불리한 시기에 탈퇴할 수는 없어요. ⁸ 존속기간을 정했더라도 부득이한 사유가 있으면 탈퇴할 수 있어요. ⁸

탈퇴 정산은 탈퇴 당시 재산 상태에 따르고 지분은 금전으로 반환할 수 있어요. ⁹

그때 끝나지 않은 사항은 완료 후 계산할 수 있어요. ⁹

작성 제안: 미수금·미지급금·장비 채무와 아직 확정되지 않은 정산 항목은 구분해 기록하세요.

의원이 개설 장소를 이전하거나 개설 신고사항 중 보건복지부령으로 정하는 중요사항을 변경하려는 때에도 시장·군수·구청장에게 신고해야 해요. ¹² 의사·치과의사·한의사·조산사는 어떤 명목으로도 둘 이상의 의료기관을 개설·운영할 수 없어요. ¹² 다만 둘 이상의 의료인 면허를 가진 사람이 의원급 의료기관을 개설하려면 하나의 장소에 한해 면허 종별에 따른 의료기관을 함께 개설할 수 있어요. ¹²

특수관계인 예외는 실제 경영 내용까지 살펴요

특수관계인 공동사업이라고 해서 언제나 합산과세하는 것은 아니에요. ^{1, 4}

소득세법 시행령은 거주자 1인과 국세기본법 시행령 제1조의2제1항~제3항의 관계에 있으면서 생계를 같이 하는 사람을 규정해요. ^{4, 14}

그 관계는 친족관계·경제적 연관관계·경영지배관계이고, 해당 여부는 과세기간 종료일 상황으로 판단해요. ^{4, 14}

신고한 사업·소득·지분·분배비율·관계 등이 사실과 현저히 다르거나 조세회피 목적의 공동경영이 확인되는 경우를 규정해요. ⁴

이 사유가 적용되면 해당 특수관계인의 소득을 손익분배비율이 큰 주된 공동사업자의 소득으로 봐요. ¹

분배비율이 같으면 공동사업 외 종합소득금액 등 시행령의 순서로 주된 공동사업자를 정해요. ⁴

작성 제안: 경영 참여 기록과 출자 이체 내역은 계약서와 함께 보관해 두세요.

작성 제안: 개인별 지분 변경 세금이나 조세회피 해당 여부는 이 절에서 확정하지 않아요.

흔한 실수

• 작성 제안: 공동사업장등이동신고 기한을 사업자등록 정정의 유예기간으로 쓰지 않아요.
• 작성 제안: 탈퇴 정산액을 최초 출자금과 같다고 전제하지 않아요.

근거 조문

소득세법 제43조(공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례)

② 제1항에 따라 공동사업에서 발생한 소득금액은 해당 공동사업을 경영하는 각 거주자(출자공동사업자를 포함한다. 이하 "공동사업자"라 한다) 간에 약정된 손익분배비율(약정된 손익분배비율이 없는 경우에는 지분비율을 말한다. 이하 "손익분배비율"이라 한다)에 의하여 분배되었거나 분배될 소득금액에 따라 각 공동사업자별로 분배한다.

소득세법 시행령 제150조(공동사업장에 대한 특례)

④대표공동사업자는 법 제87조제4항에 따른 신고내용에 변동이 발생한 경우 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 종료일부터 15일 이내에 재정경제부령으로 정하는 공동사업장등이동신고서에 의하여 해당 사업장 관할세무서장에게 그 변동내용을 신고하여야 한다. 이 경우 법 제168조제3항에 따라 사업자등록 정정신고를 할 때 변동내용을 신고한 경우에는 공동사업장등이동신고서를 제출한 것으로 본다. <신설 2007.2.28, 2008.2.29, 2018.2.13, 2025.12.30>

민법 제719조(탈퇴조합원의 지분의 계산)

①탈퇴한 조합원과 다른 조합원간의 계산은 탈퇴당시의 조합재산상태에 의하여 한다.

부가가치세법 시행령 제14조제1항제6호

① 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 지체 없이 사업자의 인적사항, 사업자등록의 변경 사항 및 그 밖의 필요한 사항을 적은 사업자등록 정정신고서를 관할 세무서장이나 그 밖에 신고인의 편의에 따라 선택한 세무서장에게 제출(국세정보통신망에 따른 제출을 포함한다)해야 한다. <개정 2021.2.17, 2025.12.30>
1. 상호를 변경하는 경우
2. 법인 또는 「국세기본법」 제13조제1항 및 제2항에 따라 법인으로 보는 단체 외의 단체로서 재정경제부령으로 정하는 단체가 대표자를 변경하는 경우
3. 재정경제부령으로 정하는 사업의 종류에 변동이 있는 경우
4. 사업장[법 제8조제3항에 따른 사업자 단위 과세 사업자(이하 "사업자 단위 과세 사업자"라 한다)의 경우에는 사업자 단위 과세 적용 사업장을 말한다]을 이전하는 경우
5. 상속으로 사업자의 명의가 변경되는 경우
6. 공동사업자의 구성원 또는 출자지분이 변경되는 경우

국세기본법 시행령 제1조의2제1항~제3항

제1조의2(특수관계인의 범위)
① 법 제2조제20호가목에서 "혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "친족관계"라 한다)를 말한다. <개정 2023.2.28>
1. 4촌 이내의 혈족
2. 3촌 이내의 인척
3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)
4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속
5. 본인이 「민법」에 따라 인지한 혼인 외 출생자의 생부나 생모(본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람 또는 생계를 함께하는 사람으로 한정한다)
② 법 제2조제20호나목에서 "임원ㆍ사용인 등 대통령령으로 정하는 경제적 연관관계"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 "경제적 연관관계"라 한다)를 말한다.
1. 임원과 그 밖의 사용인
2. 본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 자
3. 제1호 및 제2호의 자와 생계를 함께하는 친족
③ 법 제2조제20호다목에서 "주주ㆍ출자자 등 대통령령으로 정하는 경영지배관계"란 다음 각 호의 구분에 따른 관계(이하 "경영지배관계"라 한다)를 말한다.
1. 본인이 개인인 경우
가. 본인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
나. 본인이 직접 또는 그와 친족관계, 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
2. 본인이 법인인 경우
가. 개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인
나. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인
다. 본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계, 가목 또는 나목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 그 법인
라. 본인이 「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」에 따른 기업집단에 속하는 경우 그 기업집단에 속하는 다른 계열회사 및 그 임원

소득세법 제5조(과세기간)

제5조(과세기간)
① 소득세의 과세기간은 1월 1일부터 12월 31일까지 1년으로 한다.
② 거주자가 사망한 경우의 과세기간은 1월 1일부터 사망한 날까지로 한다.
③ 거주자가 주소 또는 거소를 국외로 이전(이하 "출국"이라 한다)하여 비거주자가 되는 경우의 과세기간은 1월 1일부터 출국한 날까지로 한다.

소득세법 시행령 제150조제6항

⑥공동사업자가 과세표준확정신고를 하는 때에는 과세표준확정신고서와 함께 당해공동사업장에서 발생한 소득과 그 외의 소득을 구분한 계산서를 제출하여야 한다. 이 경우 대표공동사업자는 당해 공동사업장에서 발생한 소득금액과 가산세액 및 원천징수된 세액의 각 공동사업자별 분배명세서를 제출하여야 한다. <개정 2007.2.28>

민법 제706조제2항·제3항

②조합의 업무집행은 조합원의 과반수로써 결정한다. 업무집행자 수인인 때에는 그 과반수로써 결정한다.
③조합의 통상사무는 전항의 규정에 불구하고 각 조합원 또는 각 업무집행자가 전행할 수 있다. 그러나 그 사무의 완료전에 다른 조합원 또는 다른 업무집행자의 이의가 있는 때에는 즉시 중지하여야 한다.

의료법 제33조제5항

⑤제3항과 제4항에 따라 개설된 의료기관이 개설 장소를 이전하거나 개설에 관한 신고 또는 허가사항 중 보건복지부령으로 정하는 중요사항을 변경하려는 때에도 제3항 또는 제4항과 같다. <개정 2008.2.29, 2010.1.18>

의료법 제33조제8항

⑧ 제2항제1호의 의료인은 어떠한 명목으로도 둘 이상의 의료기관을 개설ㆍ운영할 수 없다. 다만, 2 이상의 의료인 면허를 소지한 자가 의원급 의료기관을 개설하려는 경우에는 하나의 장소에 한하여 면허 종별에 따른 의료기관을 함께 개설할 수 있다. <신설 2009.1.30, 2012.2.1>

출처

1. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제43조(공동사업에 대한 소득금액 계산의 특례)
2. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제87조(공동사업장에 대한 특례)
3. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 시행령 제150조(공동사업장에 대한 특례)
4. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 시행령 제100조(공동사업합산과세 등)
5. 법제처 국가법령정보센터 · 민법 제703조(조합의 의의)
6. 법제처 국가법령정보센터 · 민법 제706조(사무집행의 방법)
7. 법제처 국가법령정보센터 · 민법 제711조(손익분배의 비율)
8. 법제처 국가법령정보센터 · 민법 제716조(임의탈퇴)
9. 법제처 국가법령정보센터 · 민법 제719조(탈퇴조합원의 지분의 계산)
10. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제8조(사업자등록)
11. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여)
12. 법제처 국가법령정보센터 · 의료법 제33조(개설 등)
13. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 시행령 제14조제1항제6호
14. 법제처 국가법령정보센터 · 국세기본법 시행령 제1조의2제1항~제3항
15. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제5조(과세기간)