3.5.2 과세·면세 겸영 의원의 매출 코드 구분

원문 대조·이중 검수 2026-11-01

요약

작성 제안: 과세·면세를 함께 하는 의원은 서비스별 분류를 가격표와 수납·환불 기록까지 이어서 관리해요.

꼭 기억할 것

• 부가세가 포함됐는지 분명하지 않은 과세 대가는 받은 금액에 100/110을 곱해 공급가액을 구해요. ²
• 과세 의료용역의 카드기 등 기계장치(금전등록기 제외) 영수증에는 공급가액과 세액을 구분해 적어야 해요. ⁴

매출 코드는 확정된 분류를 담아요

부가가치세법 제40조는 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우를 따로 다뤄요. ⁸

작성 제안: 겸영은 두 사업을 함께 운영하는 것을 말해요.

이 절에서는 의료보건 용역 중 면세 범위와 면세 제외 항목을 함께 취급하는 의원을 살펴요. ¹

과세 여부는 진료명이나 수납 방식이 아니라 실제 제공한 용역과 시행령의 범위로 검토해요. ¹

작성 제안: 코드 설계는 법정 코드 목록을 새로 정하는 일이 아니라, 확인한 분류가 수납 과정에서 섞이지 않게 하는 실무 제안이에요.

작성 제안: 원장은 진료 목적과 제공 내용을 정리하고, 세무 검토 담당자는 과세·면세 근거를 붙이는 역할 분담을 권해요.

작성 제안: 접수 담당자는 그 결과를 수납 화면에 반영해요.

작성 제안: 코드표에는 진료·상품명, 과세·면세 구분, 판정 근거, 적용 시작일, 가격, 할인·환불 처리 방법을 넣어요.

작성 제안: 변경 전 코드표도 남겨 이전 거래를 다시 확인할 수 있게 해요.

요양급여 대상에서 제외되는 진료 가운데 시행령 제35조제1호 가목의 성형수술·악안면 교정술과 나목의 피부 관련 시술 등 열거 항목이 면세에서 제외돼요. ¹ 가목에는 유방암 수술에 따른 유방 재건술, 성형수술 후유증 치료, 선천성 기형·종양 제거에 따른 재건수술과 치아교정치료가 선행되는 악안면 교정술의 예외가 있어요. ¹

겸영 사업의 매입세액은 실제 귀속으로 나누고, 구분할 수 없는 공통분은 법정 비율 등으로 안분해요. ⁸

작성 제안: 매출 코드의 과세·면세 구분을 공통매입세액 계산 자료에도 연결해요.

진료와 검진·상품을 한 칸에 합치지 않아요

작성 제안: 일반내과·소화기내과는 진료와 검진을, 이비인후과는 치료 수술과 별도로 검토할 성형 용역을 구분해 목록을 만드는 방식을 권해요.

미용·치료·검진이라는 업무 분류 자체가 세법상 확정 판정은 아니므로, 각 항목을 시행령의 의료보건 용역 범위에 대조해요. ¹

작성 제안: 상품을 판매한다면 서비스 목록과 상품 목록을 분리해 검토를 의뢰해요.

작성 제안: 예를 들어 검진 묶음에 여러 검사와 다른 서비스가 들어간다고 가정해 볼게요.

작성 제안: 구성 항목, 개별 가격, 실제 제공 여부, 총 할인액을 함께 기록하면 좋아요.

법령이 정한 과세 대상 금액은 해당 기간에 공급한 과세 재화·용역의 공급가액 합계이므로, 총 수납액만으로 과세 매출을 정하지 않아요. ²

작성 제안: 묶음의 할인액을 어느 항목에 배분할지는 개별 계약 검토 사항으로 남겨요.

가격표와 영수증의 금액을 연결해요

환자에게 금전으로 대가를 받는 경우 공급가액은 그 대가 가운데 부가세를 제외한 금액이에요. ²

부가세율은 10%예요. ³

과세 대가에 부가세가 포함되어 있는지 불명확하면 받은 금액 × 100/110이 공급가액이에요. ²

세액은 그 과세 대가에서 계산한 공급가액을 뺀 값으로 구분할 수 있어요. ^{2, 3}

이 계산을 면세 대가까지 합친 총 결제액에 적용하지 않도록 코드별 합계를 먼저 나누어요. ^{1, 2}

작성 제안: 가격표에는 환자가 최종 부담할 금액을 분명히 보여 주는 방식을 권해요.

의료기관 개설자는 고지·게시한 비급여 진료비용과 제증명수수료를 초과해 받을 수 없어요. ⁵

과세 의료용역에 카드기나 직불카드기 등 기계장치(금전등록기 제외)로 영수증을 발급할 때에는 공급가액과 세액을 나누어 적어야 해요. ⁴

작성 제안: 개원 전에는 과세 거래와 면세 거래를 각각 가상 입력해 가격표·수납 화면·영수증의 표시를 대조하는 연습을 권해요.

작성 제안: 마감 점검에서는 과세 공급가액, 부가세액, 면세 수납액을 구분한 합계표를 만들어 보세요.

작성 제안: 할인은 적용한 항목에, 환불은 원거래에 연결한 뒤 결제 내역과 비교해요.

작성 제안: 금액이 맞지 않으면 우선 차이 원인을 기록해요. 서비스 분류 오류인지 수납 취소 누락인지 구분해 검토하면 좋아요.

작성 제안: 아직 과세·면세 판정을 받지 못한 항목을 접수 담당자의 임의 선택으로 확정하지 않도록 검토 담당자를 정해 두어요.

영수증에는 공급자 등록번호·상호·성명, 공급대가, 작성 연월일 등 법정 사항을 적어요. ⁴ 단말기 출력 또는 공급받는 자가 동의한 전자 결제내역 송신으로도 발급할 수 있어요. ⁴

할인과 환불은 원래 항목으로 되돌려요

공급조건에 따라 통상의 대가에서 직접 깎아 준 금액은 공급가액에서 제외해요. ²

다만 모든 사후 지급액이 같은 공제 대상인 것은 아니며, 장려금이나 이와 비슷한 금액은 과세표준인 해당 과세기간의 공급가액 합계에서 공제하지 않아요. ²

작성 제안: 할인 사유와 적용 대상을 원래 코드에 연결하면 좋아요.

작성 제안: 환불 기록에도 원거래, 취소한 항목, 제공한 항목, 반환액, 증빙 처리 상태를 남겨요.

시행령 제35조제1호 단서의 과세 의료용역을 공급하는 사업자는 원칙적으로 세금계산서 대신 영수증을 발급해야 해요. ^{4, 9}

상대 사업자가 요구하면 세금계산서를 발급하는 제73조제3항의 업종 목록에는 이 사업이 포함되지 않아요. ⁴

다만 이 사업자가 감가상각자산이나 제73조제1항·제2항의 역무 외의 역무를 공급하고, 상대 사업자가 사업자등록증을 제시하며 세금계산서를 요구하면 발급해야 해요. ^{4, 9}

세금계산서를 발급한 거래라면 수정 사유를 구분해야 해요. ^{6, 7}

계약 해제로 공급하지 않은 경우에는 계약해제일을 작성일로 삼고, 계약 해지 등에 따른 대가 증감은 증감 사유가 생긴 날을 기준으로 해요. ⁷

법 제46조제1항의 신용카드매출전표등은 부가가치세법상 영수증으로 봐요. ⁹

작성 제안: 영수증·카드 거래의 환불과 세금계산서 발급 거래의 수정을 나누어 처리해요.

작성 제안: 수납 담당자가 원거래 자료를 모으고 세무 담당자가 수정 증빙과 신고 반영 시점을 판단하는 흐름을 권해요.

흔한 실수

• 작성 제안: 과세·면세가 섞인 결제 총액을 한꺼번에 100/110로 나누지 말고 과세 대가부터 구분해요.
• 작성 제안: 환불 거래는 최초 증빙이 영수증·카드전표인지 세금계산서인지 먼저 나누고, 세금계산서 거래에만 해당 수정 규정을 적용해요.

근거 조문

부가가치세법 제30조(세율)

제30조(세율) 부가가치세의 세율은 10퍼센트로 한다.

부가가치세법 제29조 제5항부터 제7항

⑤ 다음 각 호의 금액은 공급가액에 포함하지 아니한다.
1. 재화나 용역을 공급할 때 그 품질이나 수량, 인도조건 또는 공급대가의 결제방법이나 그 밖의 공급조건에 따라 통상의 대가에서 일정액을 직접 깎아 주는 금액
2. 환입된 재화의 가액
3. 공급받는 자에게 도달하기 전에 파손되거나 훼손되거나 멸실한 재화의 가액
4. 재화 또는 용역의 공급과 직접 관련되지 아니하는 국고보조금과 공공보조금
5. 공급에 대한 대가의 지급이 지체되었음을 이유로 받는 연체이자
6. 공급에 대한 대가를 약정기일 전에 받았다는 이유로 사업자가 당초의 공급가액에서 할인해 준 금액
⑥ 사업자가 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 지급하는 장려금이나 이와 유사한 금액 및 제45조제1항에 따른 대손금액(貸損金額)은 과세표준에서 공제하지 아니한다.
⑦ 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.

부가가치세법 시행령 제73조

제73조(영수증 등)
① 법 제36조제1항제1호에서 "대통령령으로 정하는 사업자"란 다음 각 호의 사업을 하는 사업자를 말한다. <개정 2015.2.3, 2020.12.8, 2021.2.17, 2025.12.30>
1. 소매업
2. 음식점업(다과점업을 포함한다)
3. 숙박업
4. 미용, 욕탕 및 유사 서비스업
5. 여객운송업
6. 입장권을 발행하여 경영하는 사업
7. 제109조제2항제7호에 따른 사업 및 행정사업(법 제3조 및 「소득세법」 제160조의2제2항에 따른 사업자에게 공급하는 것은 제외한다)
8. 「우정사업 운영에 관한 특례법」에 따른 우정사업조직이 「우편법」 제15조제1항에 따른 선택적 우편업무 중 소포우편물을 방문접수하여 배달하는 용역을 공급하는 사업
9. 제35조제1호 단서의 용역을 공급하는 사업
10. 제35조제5호 단서에 해당하지 아니하는 것으로서 수의사가 제공하는 동물의 진료용역
11. 제36조제2항제1호 및 제2호의 용역을 공급하는 사업
12. 제71조제1항제7호에 따라 인증서를 발급하는 사업
13. 법 제53조의2제1항 및 제2항에 따라 간편사업자등록을 한 사업자가 국내에 전자적 용역을 공급하는 사업
14. 주로 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업으로서 재정경제부령으로 정하는 사업
② 법 제36조제2항에서 "「전기사업법」 제2조제2호에 따른 전기사업자가 산업용이 아닌 전력을 공급하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. <개정 2019.6.25>
1. 제10조에 따른 임시사업장을 개설한 사업자가 그 임시사업장에서 사업자가 아닌 소비자에게 재화 또는 용역을 공급하는 경우
2. 「전기사업법」에 따른 전기사업자가 산업용이 아닌 전력을 공급하는 경우
3. 「전기통신사업법」에 따른 전기통신사업자가 전기통신역무를 제공하는 경우. 다만, 부가통신사업자가 통신판매업자에게 「전기통신사업법」 제5조제3항에 따른 부가통신역무를 제공하는 경우는 제외한다.
4. 「도시가스사업법」에 따른 도시가스사업자가 산업용이 아닌 도시가스를 공급하는 경우
5. 「집단에너지사업법」에 따라 집단에너지를 공급하는 사업자가 산업용이 아닌 열 또는 산업용이 아닌 전기를 공급하는 경우
6. 「방송법」 제2조제3호에 따른 방송사업자가 사업자가 아닌 자에게 방송용역을 제공하는 경우
7. 「인터넷 멀티미디어 방송사업법」 제2조제5호가목에 따른 인터넷 멀티미디어 방송 제공사업자가 사업자가 아닌 자에게 방송용역을 제공하는 경우
③ 제1항제1호부터 제3호까지, 제5호(「여객자동차 운수사업법 시행령」 제3조제2호가목에 따른 전세버스운송사업으로 한정한다), 제7호, 제8호, 제12호 또는 제14호의 사업을 하는 사업자와 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우로서 그 재화 또는 용역을 공급받는 사업자가 법 제36조제3항에 따라 세금계산서의 발급을 요구하는 경우에는 세금계산서를 발급해야 한다. <개정 2021.2.17>
④ 제1항제4호, 제5호(「여객자동차 운수사업법 시행령」 제3조제2호가목에 따른 전세버스운송사업은 제외한다), 제6호 또는 제9호부터 제11호까지의 사업을 하는 사업자가 감가상각자산을 공급하거나 제1항 각 호ㆍ제2항 각 호에 따른 역무 외의 역무를 공급하는 경우로서 그 재화 또는 용역을 공급받는 사업자가 법 제36조제3항에 따라 세금계산서의 발급을 요구하는 경우에는 세금계산서를 발급해야 한다. <개정 2021.2.17>
⑤ 제1항제14호의 사업을 하는 사업자 중 자동차 제조업 및 자동차 판매업을 경영하는 사업자가 법 제36조제1항에 따라 영수증을 발급하였으나, 그 사업자로부터 재화를 공급받는 사업자가 해당 재화를 공급받은 날이 속하는 과세기간의 다음 달 10일까지 법 제36조제3항에 따라 세금계산서의 발급을 요구하는 경우에는 세금계산서를 발급해야 한다. 이 경우 처음에 발급한 영수증은 발급되지 않은 것으로 본다. <개정 2015.2.3, 2021.2.17>
⑥ 법 제36조제1항 각 호에 따른 사업자가 제71조제1항에 따른 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 영수증을 발급하지 아니한다. 다만, 제71조제1항제2호에 따른 자가 재화 또는 용역을 공급하는 경우에는 공급받는 자가 영수증 발급을 요구하지 아니하는 경우로 한정한다.
⑦ 법 제36조에 따른 영수증에는 다음 각 호의 사항을 적어야 한다. 이 경우 영수증의 서식과 그 밖에 필요한 사항은 국세청장이 정한다.
1. 공급자의 등록번호ㆍ상호ㆍ성명(법인의 경우 대표자의 성명)
2. 공급대가
3. 작성 연월일
4. 그 밖에 필요한 사항
⑧ 제1항 각 호의 사업을 하는 사업자와 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업자가 신용카드기 또는 직불카드기 등 기계적 장치(금전등록기는 제외한다)를 사용하여 영수증을 발급할 때에는 제7항에도 불구하고 영수증에 공급가액과 세액을 별도로 구분하여 적어야 한다. <개정 2021.2.17>
⑨ 법 제36조에 따른 영수증은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 발급할 수 있다. <신설 2020.2.11>
1. 신용카드단말기 또는 현금영수증 발급장치 등을 통해 법 제46조제1항에 따른 신용카드매출전표등을 출력하여 공급받는 자에게 발급하는 방법
2. 제7항 각 호에 따른 사항이 기재된 결제내역(이하 "결제내역"이라 한다)을 「전자문서 및 전자거래 기본법」 제2조제1호에 따른 전자문서의 형태로 공급받는 자에게 송신하는 방법(공급받는 자가 동의한 경우에 한정한다). 이 경우 전자적 방법으로 생성ㆍ저장된 결제내역을 「국세기본법」 제2조제18호에 따른 정보통신망 등을 통하여 확인할 수 있는 경우에는 공급받는 자에게 송신한 것으로 본다.
⑩ 간이과세자인 사업자가 법 제36조의2제1항 또는 제2항에 따른 영수증 발급 적용기간에 재화 또는 용역을 공급한 경우에는 제3항부터 제5항까지 및 제8항을 적용하지 않는다. <신설 2021.2.17>

부가가치세법 제36조

제36조(영수증 등)
① 제32조에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 제15조 및 제16조에 따른 재화 또는 용역의 공급시기에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 공급을 받은 자에게 세금계산서를 발급하는 대신 영수증을 발급하여야 한다. <개정 2020.12.22>
1. 주로 사업자가 아닌 자에게 재화 또는 용역을 공급하는 사업자로서 대통령령으로 정하는 사업자
2. 간이과세자 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자
가. 직전 연도의 공급대가의 합계액(직전 과세기간에 신규로 사업을 시작한 개인사업자의 경우 제61조제2항에 따라 환산한 금액)이 4천800만원 미만인 자
나. 신규로 사업을 시작하는 개인사업자로서 제61조제4항에 따라 간이과세자로 하는 최초의 과세기간 중에 있는 자
② 제32조에도 불구하고 「전기사업법」 제2조제2호에 따른 전기사업자가 산업용이 아닌 전력을 공급하는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우 해당 사업자는 영수증을 발급할 수 있다. 이 경우 해당 사업자가 영수증을 발급하지 아니하면 세금계산서를 발급하여야 한다.
③ 제1항 및 제2항에도 불구하고 재화 또는 용역을 공급받는 자가 사업자등록증을 제시하고 세금계산서의 발급을 요구하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 세금계산서를 발급하여야 한다.
④ 제1항 및 제2항에도 불구하고 영수증을 발급하는 사업자는 금전등록기를 설치하여 영수증을 대신하여 공급대가를 적은 계산서를 발급할 수 있다. 이 경우 사업자가 계산서를 발급하고 해당 감사테이프를 보관한 경우에는 제1항에 따른 영수증을 발급하고 제71조에 따른 장부의 작성을 이행한 것으로 보며, 현금수입을 기준으로 부가가치세를 부과할 수 있다. <개정 2020.12.22>
⑤ 제46조제1항에 따른 신용카드매출전표등은 제1항에 따른 영수증으로 본다.
⑥ 영수증 및 계산서의 기재사항 및 작성 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

부가가치세법 시행령 제35조 제1호

1. 「의료법」에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 「간호법」에 따른 간호사가 제공하는 용역. 다만, 「국민건강보험법」 제41조제4항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.
가. 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대ㆍ축소술(유방암 수술에 따른 유방 재건술은 제외한다), 지방흡인술, 주름살제거술, 안면윤곽술, 치아성형(치아미백, 라미네이트와 잇몸성형술을 말한다) 등 성형수술(성형수술로 인한 후유증 치료, 선천성 기형의 재건수술과 종양 제거에 따른 재건수술은 제외한다)과 악안면 교정술(치아교정치료가 선행되는 악안면 교정술은 제외한다)
나. 색소모반ㆍ주근깨ㆍ흑색점ㆍ기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술 및 문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술 및 모공축소술

출처

1. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 시행령 제35조(면세하는 의료보건 용역의 범위)
2. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제29조(과세표준)
3. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제30조(세율)
4. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 시행령 제73조(영수증 등)
5. 법제처 국가법령정보센터 · 의료법 제45조(비급여 진료비용 등의 고지)
6. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제32조(세금계산서 등)
7. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 시행령 제70조(수정세금계산서 또는 수정전자세금계산서의 발급사유 및 발급절차)
8. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제40조(공통매입세액의 안분)
9. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제36조(영수증 등)