3.3.1 사업자등록·개설신고·면세의 구분

원문 대조·이중 검수 2026-11-01

요약

개설신고는 의료기관 개설 절차이고, 사업자등록과 부가가치세 면세 판단은 별도로 다뤄요. ^{1, 2, 4} 작성 제안: 이 절에서 부가세는 부가가치세, 면세는 부가가치세를 면제한다는 뜻으로 읽어요.

꼭 기억할 것

• 의원 개설은 시장·군수·구청장에게 신고해야 해요. ¹
• 사업자등록은 사업 개시일부터 20일 이내에 신청해야 해요. ^{2, 3}

의료기관 개설과 세무 등록의 질문이 달라요

의료법은 의료기관을 개설할 수 있는 주체와 개설 절차를 정해요. ¹

의사가 의원을 개설하려면 시장·군수·구청장에게 신고해야 해요. ¹

사업자등록은 새로 사업을 시작하는 사업자를 사업장 소재지 관할 세무서장에게 등록하는 절차예요. ²

그래서 개설신고와 사업자등록은 각각의 근거 법과 담당 기관을 나누어 이해해요. ^{1, 2}

작성 제안: 준비 노트에는 의료기관 개설 항목과 세무 등록 항목을 별도로 두세요.

작성 제안: 각 항목에는 준비자료, 접수일, 처리 결과를 기록해 두세요.

작성 제안: 사업자등록증을 받았더라도 의료기관 개설 절차를 마쳤는지는 별도로 확인해요.

의료인은 의료법에 따른 의료기관을 개설하지 않고 의료업을 할 수 없어요. ¹

면세도 사업자등록을 해야 해요

소득세법은 새로 사업을 시작하는 사업자의 등록을 정하고 부가가치세법의 사업자등록 규정을 준용해요. ²

작성 제안: 준용은 다른 규정을 이 경우에 맞게 바꾸어 적용하는 것을 말해요.

따라서 부가세가 면제되는 진료를 한다는 설명으로 사업자등록을 생략할 수는 없어요. ^{2, 3}

부가세 면세와 사업자등록 의무는 서로 다른 판단이에요. ^{2, 4}

사업자등록 신청기한은 사업 개시일부터 20일 이내예요. ³

신규 사업자는 사업 개시일 전에도 신청할 수 있어요. ³

국세청은 사업장별 등록 원칙과 세무서 신청 경로를 안내해요. ⁷

작성 제안: 사업장 주소를 먼저 확정하세요. 이어서 실제 사업 내용과 신청서 기재 내용을 대조해요.

작성 제안: 사업개시일을 검토할 때는 임대차계약서 작성일을 그대로 옮겨 적지 않도록 주의하세요.

부가가치세법 시행령은 제조업·광업 외 사업의 개시일을 재화나 용역의 공급을 시작하는 날로 정해요. 다만 법령 개정 등으로 면세사업이 과세사업으로 전환되면 과세 전환일을 사업 개시일로 해요. ⁶

작성 제안: 이 기준과 실제 진료 시작 기록을 함께 놓고 검토하세요.

작성 제안: 개별 의원의 날짜 판단은 사실관계를 확인한 뒤 확정할 항목으로 남겨요.

비급여와 부가세 과세를 같은 말로 쓰지 않아요

부가가치세법은 대통령령으로 정한 의료보건 용역을 면세 대상으로 정해요. ⁴

시행령은 의사 등이 제공하는 용역을 규정하면서 일부 진료용역을 제외해요. ⁵

작성 제안: 요양급여는 건강보험으로 제공하는 진료 등의 급여예요. 비급여는 그 대상에서 제외되는 것을 말해요.

작성 제안: 비급여 표시와 부가세 과세·면세 판단은 별도 칸에 기록해요.

시행령 제35조제1호 단서는 국민건강보험법 제41조제4항에 따라 요양급여 대상에서 제외되는 다음 가목·나목의 진료용역을 면세에서 제외해요. ⁵

가목은 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대·축소술, 지방흡인술, 주름살제거술, 안면윤곽술, 치아성형(치아미백·라미네이트·잇몸성형술) 등 성형수술과 악안면 교정술이에요. ⁵

다만 유방암 수술에 따른 유방 재건술, 성형수술 후유증 치료, 선천성 기형·종양 제거에 따른 재건수술, 치아교정치료가 선행되는 악안면 교정술은 이 제외 범위에서 빠져요. ⁵

나목은 색소모반·주근깨·흑색점·기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술·문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술, 모공축소술이에요. ⁵

작성 제안: 면세에서 제외된다는 말은 부가가치세가 붙는 과세 진료라는 뜻이에요. 실제 행위와 법정 제외 범위를 대조해요.

작성 제안: 일반내과·소화기내과는 계획한 진료·검사·검진 항목을 정리해 보세요. 이비인후과는 치료 목적 진료와 미용 관련 계획을 구분해 검토하세요.

작성 제안: 이는 세무 검토표를 만드는 제안이에요.

작성 제안: 개별 항목 옆에는 급여·비급여 표시와 별도로 부가세 판단 근거를 적을 칸을 두세요.

작성 제안: 이 절은 실제 의원의 모든 수입 항목을 일괄 판정하지 않아요.

자료를 같은 사업장 기준으로 묶어요

작성 제안: 등록 준비자료는 사업장 주소, 실제 사업자, 개시 예정일, 제공할 진료와 부수 활동으로 나누어 정리해 두세요.

작성 제안: 사업장별 등록 원칙을 적용할 준비자료로 사용해요.

공동개원을 계획한다면 국세청 안내처럼 공동사업자 중 대표자를 정해 대표자 명의로 신청하는 구조도 함께 검토해요. ⁷

작성 제안: 업종코드와 세부 첨부서류는 이 절에서 임의로 확정하지 않아요.

작성 제안: 임대차계약서와 개설 관련 자료의 주소·명의가 일치하는지 확인할 칸을 마련하세요.

등록 완료 뒤 휴업·폐업 또는 등록사항 변경이 있으면 지체 없이 신고하는 규정도 있어요. ³

작성 제안: 개원 때 만든 자료 묶음은 이후 변경 관리에도 이어서 활용해 보세요.

법령에 따라 신고해야 하는 사업의 사업자등록에는 신고확인증 사본을 첨부해요. ⁹ 신고 전에 사업자등록을 신청할 때는 사업신고서 사본 또는 사업계획서로 대신할 수 있어요. ⁹

의원이 개설 장소를 이전하거나 개설 신고사항 중 보건복지부령으로 정하는 중요사항을 변경하려는 때에도 시장·군수·구청장에게 신고해야 해요. ¹

부가가치세법에 따라 사업자등록을 했다면 소득세법에 따른 등록을 한 것으로 봐요. ² 면세 용역에 통상적으로 부수되는 재화·용역의 공급은 그 면세 공급에 포함돼요. ⁴

흔한 실수

• 작성 제안: 개설신고 결과와 세무 등록 결과를 한 칸의 완료 표시로 합치지 않도록 해요.
• 작성 제안: 비급여 여부만으로 부가세 과세·면세를 정하지 않아요.

근거 조문

의료법 제33조(개설 등)

③제2항에 따라 의원ㆍ치과의원ㆍ한의원 또는 조산원을 개설하려는 자는 보건복지부령으로 정하는 바에 따라 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 신고하여야 한다. <개정 2008.2.29, 2010.1.18>

부가가치세법 제8조(사업자등록)

① 사업자는 사업장마다 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 시작하려는 자는 사업 개시일 이전이라도 사업자등록을 신청할 수 있다.

부가가치세법 제39조제1항제8호

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

부가가치세법 시행령 제11조제4항

④ 법 제8조제1항 단서의 경우 해당 법인의 설립등기 전 또는 사업의 허가ㆍ등록이나 신고 전에 사업자등록을 할 때에는 법인 설립을 위한 사업허가신청서 사본, 사업등록신청서 사본, 사업신고서 사본 또는 사업계획서로 제3항의 표 제1호의 서류를 대신할 수 있다.

의료법 제33조제5항

⑤제3항과 제4항에 따라 개설된 의료기관이 개설 장소를 이전하거나 개설에 관한 신고 또는 허가사항 중 보건복지부령으로 정하는 중요사항을 변경하려는 때에도 제3항 또는 제4항과 같다. <개정 2008.2.29, 2010.1.18>

소득세법 제168조제2항

② 「부가가치세법」에 따라 사업자등록을 한 사업자는 해당 사업에 관하여 제1항에 따른 등록을 한 것으로 본다.

부가가치세법 제26조제2항

② 제1항에 따라 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 통상적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 그 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

출처

1. 법제처 국가법령정보센터 · 의료법 제33조(개설 등)
2. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제168조(사업자등록 및 고유번호의 부여)
3. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제8조(사업자등록)
4. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)
5. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 시행령 제35조(면세하는 의료보건 용역의 범위)
6. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 시행령 제6조(사업 개시일의 기준)
7. 국세청 · 사업자등록 신청
8. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제39조제1항제8호
9. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 시행령 제11조제3항·제4항