3.5.3 매입세액 불공제와 공통매입세액 안분

원문 대조·이중 검수 2026-11-01

요약

매입세액은 실제 사용처부터 구분하고, 구분할 수 없는 공통분은 법정 기준으로 나눠요. ^{2, 3, 4} 예정신고 때 안분했거나 개원 초기 대체 기준을 적용한 경우에는 법정 정산 규정을 따라요. ^{4, 5}

꼭 기억할 것

• 면세사업을 위한 장비·공사 투자 관련 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않아요. ²
• 예정신고를 하는 경우, 그 기간 비율로 나눈 공통매입세액은 확정신고 때 정산해요. ^{4, 6}

공제 원칙보다 불공제 사유를 함께 읽어요

의사가 제공하는 의료용역은 시행령이 정한 범위에서 면세이며, 요양급여에서 제외되는 열거된 성형수술·피부 관련 시술 등은 면세에서 제외돼요. ^{7, 8} 면세사업에만 쓰는 매입은 겸영의 공통분으로 안분할 대상이 아니에요. ^{2, 3}

매입세액은 장비나 공사 등 재화·용역을 공급받으며 부담한 부가세액이에요. ¹

공제는 이 금액을 매출세액에서 빼는 것을 말해요. ¹

부가세법은 사업을 위해 사용하거나 사용할 목적으로 공급받은 재화·용역의 부가세액을 공제 대상으로 정해요. ¹

그러나 다음 조문에서 공제하지 않는 지출을 따로 정하므로 사업용이라는 이유만으로 환급을 예상하면 안 돼요. ²

면세사업에 관련된 매입세액에는 면세사업을 위한 투자분도 포함돼요. ²

따라서 면세 진료에만 쓰는 내시경 장비나 청력검사 장비, 해당 시설 공사의 매입세액은 공제 대상이 아니에요. ²

작성 제안: 이는 해당 장비가 실제로 면세사업에만 쓰인다는 조건을 둔 설명이에요.

작성 제안: 지출의 소득세상 필요경비 처리나 자산 취득가액 처리는 별도로 검토할 항목으로 남겨요.

사업자등록 신청 전 매입세액은 원칙적으로 공제하지 않아요. ² 다만 공급시기가 속한 과세기간 종료 후 20일 이내 등록을 신청하면, 등록신청일부터 그 과세기간 기산일까지 역산한 기간의 매입세액은 이 불공제에서 제외돼요. ²

전용 비용을 먼저 떼고 공통분을 나눠요

과세·면세를 함께 운영하면 매입세액을 실제 사용처에 따라 구분하는 것이 먼저예요. ³

실제 사용처를 구분할 수 없는 금액이 공통매입세액이며, 안분은 이를 정해진 비율로 나누는 계산이에요. ³

과세 전용 지출도 다른 불공제 사유가 없는지 검토해야 해요. ²

공통분을 계산하기 전에 모든 세금계산서에 같은 면세 비율을 적용하는 방법은 이 순서와 맞지 않아요. ^{2, 3}

일반적인 계산식은 면세 관련 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액 / 총공급가액이에요. ⁴

시행령의 면세공급가액에는 면세사업과 관련하여 받은 국고보조금·공공보조금 등 법정 금액도 포함돼요. ⁴

그러므로 통장 입금액이나 환자 수 비율을 그대로 분모·분자로 쓰지 말고 법정 공급가액을 확인해요. ⁴

제81조제1항은 인원 수 등에 따르는 등 재정경제부령으로 정한 경우를 일반 공급가액 비율 적용에서 제외해요. ⁴

예정사용면적 기준은 제4항의 공급가액이 없거나 어느 한쪽이 없는 경우에 정한 기준이에요. ⁴

개원 초기에는 대체 기준의 순서가 있어요

과세·면세의 공급가액이 모두 없거나 어느 한쪽이 없으면 시행령의 대체 기준을 순서대로 적용해요. ⁴

먼저 공통매입가액을 제외한 총매입가액 중 면세 관련 매입가액 비율을 보고, 다음으로 예정공급가액 비율, 다음으로 예정사용면적 비율을 적용해요. ⁴

희망하는 과세 매출 비율을 임의로 먼저 고르는 구조가 아니에요. ⁴

건물이나 구축물을 신축·취득하면서 과세·면세에 제공할 예정면적을 구분할 수 있으면 예정사용면적 기준이 우선해요. ⁴

이 기준을 적용한 건물·구축물은 매출이 생긴 뒤에도 사용면적이 확정되기 전까지 예정면적 기준을 유지하는 규정이 있어요. ⁴

임차 의원의 모든 인테리어 비용에 이 예외를 자동 적용하지 말고, 거래가 해당 요건에 맞는지 검토할 자료로 공사 범위와 도면을 준비해요. ⁴

정산과 소액 예외를 끝까지 확인해요

개인사업자는 원칙적으로 세무서장이 직전 과세기간 납부세액의 50%를 결정하여 징수하며, 징수액 50만 원 미만 등 법정 예외에는 징수하지 않아요. ⁶

휴업·사업 부진 등 대통령령으로 정한 사유가 있으면 예정신고를 하고 납부할 수 있어요. ⁶

예정신고를 하는 경우에는 해당 예정신고기간의 공급가액 비율로 안분하고 확정신고 때 정산해요. ^{4, 6}

개원 초기 대체 기준을 사용한 경우에는 공급가액이나 사용면적이 확정되는 과세기간의 확정신고에서 정산해요. ⁵

공급가액 기준 정산식은 총공통매입세액 × (1−확정 면세공급가액/확정 총공급가액)−이미 공제한 세액이에요. ⁵

예정사용면적 기준은 같은 구조에서 확정된 면세사용면적과 총사용면적을 사용해요. ⁵

면세공급가액 비율이 5% 미만이면 공통매입세액을 공제하는 예외가 있지만, 공통매입세액이 500만 원 이상이면 그 예외에서 제외돼요. ⁴

해당 과세기간 공통매입세액이 5만 원 미만인 경우의 예외도 있어요. ⁴

이 예외는 면세 전용 매입세액을 공제해 준다는 규정이 아니에요. ^{2, 4}

작성 제안: 계산표에는 최초 기준, 확정 기준, 이미 공제한 세액을 나란히 기록하면 좋아요.

작성 제안: 장비·공사 계약을 모을 때는 사용 부서와 함께 어떤 과세·면세 사업에 쓰려는지도 적어요.

작성 제안: 공통 사용으로 분류한 이유, 전용 사용을 뒷받침하는 자료, 예정 비율의 산출 근거를 함께 보관하면 좋아요.

일반내과·소화기내과·이비인후과 모두 실제 사용처를 먼저 구분한다는 원칙으로 검토해요. ³

작성 제안: 원장과 세무 담당자가 같은 매입 목록을 보며 분류를 확정하는 절차를 마련해요.

감가상각자산의 매입세액 공제 후 면세공급가액 비율이나 면세사용면적 비율이 취득 과세기간(그 후 재계산했다면 그 기간)의 적용 비율과 5퍼센트포인트 이상 차이 나면 별도 재계산 규정이 적용되며, 제66조 적용 시에는 제외돼요. ⁹

작성 제안: 최초 안분·정산 이후의 재계산도 별도 검토 항목으로 남겨요.

흔한 실수

• 작성 제안: 장비 공급자가 세금계산서를 발급했다고 면세 진료용 매입세액을 공제하지 않아요.
• 작성 제안: 개원 때 예정 비율을 적용했다면 공급가액·사용면적 확정 후 정산을 빠뜨리지 않아요.

근거 조문

부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액)

7. 면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액

부가가치세법 제48조 제3항·제4항

③ 납세지 관할 세무서장은 제1항 및 제2항에도 불구하고 개인사업자와 대통령령으로 정하는 법인사업자에 대하여는 각 예정신고기간마다 직전(直前) 과세기간에 대한 납부세액(제46조제1항, 제47조제1항 또는 「조세특례제한법」 제104조의8제2항, 제106조의7제1항에 따라 납부세액에서 공제하거나 경감한 세액 및 제57조의2에 따라 수시부과한 세액이 있는 경우에는 그 세액을 뺀 금액으로 하고, 제57조에 따른 결정 또는 경정과 「국세기본법」 제45조 및 제45조의2에 따른 수정신고 및 경정청구에 따른 결정이 있는 경우에는 그 내용이 반영된 금액으로 한다)의 50퍼센트(1천원 미만인 단수가 있을 때에는 그 단수금액은 버린다)로 결정하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 해당 예정신고기간이 끝난 후 25일까지 징수한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 징수하지 아니한다. <개정 2014.12.23, 2016.12.20, 2018.12.31, 2019.12.31, 2021.12.8, 2024.12.31>
1. 징수하여야 할 금액이 50만원 미만인 경우
2. 간이과세자에서 해당 과세기간 개시일 현재 일반과세자로 변경된 경우
3. 「국세징수법」 제13조제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유로 관할 세무서장이 징수하여야 할 금액을 사업자가 납부할 수 없다고 인정되는 경우
④ 제3항에도 불구하고 휴업 또는 사업 부진으로 인하여 사업실적이 악화된 경우 등 대통령령으로 정하는 사유가 있는 사업자는 제1항에 따라 예정신고를 하고 제2항에 따라 예정신고기간의 납부세액(해당 예정신고기간에 대하여 제57조의2에 따라 수시부과한 세액은 공제한다)을 납부할 수 있다. 이 경우 제3항 본문에 따른 결정은 없었던 것으로 본다. <개정 2019.12.31, 2024.12.31>

부가가치세법 시행령 제81조 제2항

② 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 해당 재화 또는 용역의 매입세액은 공제되는 매입세액으로 한다.
1. 해당 과세기간의 총공급가액 중 면세공급가액이 5퍼센트 미만인 경우의 공통매입세액. 다만, 공통매입세액이 5백만원 이상인 경우는 제외한다.
2. 해당 과세기간 중의 공통매입세액이 5만원 미만인 경우의 매입세액
3. 제63조제3항제3호가 적용되는 재화에 대한 매입세액

부가가치세법 시행령 제81조 제4항

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율

부가가치세법 시행령 제82조 본문·단서

제82조(공통매입세액의 정산) 사업자가 제81조제4항에 따라 매입세액을 안분하여 계산한 경우에는 해당 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업등의 공급가액, 과세사업과 면세사업등의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고할 때에 다음 각 호의 계산식에 따라 정산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율, 총사용면적에 대한 면세 또는 비과세 사용면적의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

부가가치세법 제39조 (해당 근거 발췌)

8. 제8조에 따른 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액. 다만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청한 경우 등록신청일부터 공급시기가 속하는 과세기간 기산일(제5조제1항에 따른 과세기간의 기산일을 말한다)까지 역산한 기간 내의 것은 제외한다.

부가가치세법 제26조 (해당 근거 발췌)

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액(치료ㆍ예방ㆍ진단 목적으로 조제한 동물의 혈액을 포함한다)

부가가치세법 시행령 제35조 (해당 근거 발췌)

1. 「의료법」에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 「간호법」에 따른 간호사가 제공하는 용역. 다만, 「국민건강보험법」 제41조제4항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.
가. 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대ㆍ축소술(유방암 수술에 따른 유방 재건술은 제외한다), 지방흡인술, 주름살제거술, 안면윤곽술, 치아성형(치아미백, 라미네이트와 잇몸성형술을 말한다) 등 성형수술(성형수술로 인한 후유증 치료, 선천성 기형의 재건수술과 종양 제거에 따른 재건수술은 제외한다)과 악안면 교정술(치아교정치료가 선행되는 악안면 교정술은 제외한다)
나. 색소모반ㆍ주근깨ㆍ흑색점ㆍ기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술 및 문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술 및 모공축소술

부가가치세법 시행령 제83조 (해당 근거 발췌)

① 법 제41조에 따른 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 감가상각자산에 대한 매입세액이 법 제38조제1항, 이 영 제81조 및 제82조에 따라 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율과 해당 감가상각자산의 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산하였을 때에는 그 재계산한 기간)에 적용하였던 비율 간의 차이가 5퍼센트 이상인 경우에만 적용한다.

부가가치세법 시행령 제83조 (해당 근거 발췌)

④ 제66조가 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항을 적용하지 아니한다.

출처

1. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제38조(공제하는 매입세액)
2. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제39조(공제하지 아니하는 매입세액)
3. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제40조(공통매입세액의 안분)
4. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 시행령 제81조(공통매입세액 안분 계산)
5. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 시행령 제82조(공통매입세액의 정산)
6. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제48조(예정신고와 납부)
7. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)
8. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 시행령 제35조(면세하는 의료보건 용역의 범위)
9. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 시행령 제83조(납부세액 또는 환급세액의 재계산)