3.4.5 세액공제·감면과 의료업 제외 요건

원문 대조·이중 검수 2026-11-01

요약

창업중소기업 감면은 업종 목록부터 대조하고, 의원에 직접 열린 중소기업 특별세액감면은 요양급여 비율·소득 요건을, 고용 공제는 인원 계산과 추징·중복 제한을 함께 확인해요. ^{1, 2, 3, 5}

꼭 기억할 것

• 의원이 중소기업 특별세액감면의 의료업에 해당하려면 그 과세연도 수입금액 중 요양급여비용 비율이 100분의 80 이상이고 종합소득금액이 1억원 이하여야 해요. ²
• 사업용계좌를 신고해야 할 사업자가 신고하지 않거나 현금영수증가맹점 가입 의무를 지키지 않으면, 정당한 사유가 없는 한 그 과세기간 그 사업장에 제6조·제7조 감면을 적용하지 않아요. ⁶
• 보건업 개인사업자는 해당 과세기간 수입금액(사업용 유형자산 양도 수입은 제외)이 5억원 이상이면 성실신고확인대상사업자이고, 확인서를 내면 종합소득세 확정신고를 다음 연도 5월 1일부터 6월 30일까지 해요. ^{8, 9}

창업 감면이 의원에도 적용된다고 가정하지 않아요

창업중소기업 세액감면은 대통령령으로 정하는 중소기업 중 2027년 12월 31일 이전에 법에 열거된 업종으로 창업한 기업이 대상이에요. ¹

열거된 업종은 광업, 제조업, 건설업, 통신판매업, 음식점업, 정보통신업, 사회복지 서비스업 등이에요. 다만 정보통신업 중 비디오물 감상실 운영업·뉴스제공업·가상자산 매매 및 중개업은 제외해요. ¹

이 목록에는 보건업이나 의료업이라는 항목이 없어요. ¹

작성 제안: 그래서 '개원하면 창업감면으로 몇 년간 소득세가 줄어든다'는 설명은 업종 목록과 대조한 뒤에 판단해요.

사업 양수 등으로 종전 사업을 승계하거나 종전 사업에 쓰던 자산을 인수해 같은 종류의 사업을 하는 경우, 폐업 후 같은 종류의 사업을 다시 시작하는 경우 등은 창업으로 보지 않아요. ¹

다만 종전 사업에 쓰던 자산을 인수·매입해 같은 종류의 사업을 하는 경우에는 예외가 있어요. 그 자산가액 합계가 사업 개시 당시 법정 사업용자산 총가액에서 차지하는 비율이 100분의 50 미만이면서 대통령령으로 정하는 비율 이하이면, 해당 자산 인수·매입에 따른 창업 제외 규정의 예외가 돼요. ¹

제6조에 따라 감면받는 경우에는 제29조의7이나 제29조의8(고용 관련 공제)을 동시에 적용하지 않아요. ⁵

중소기업 특별세액감면의 의료업 요건을 맞춰요

중소기업 특별세액감면은 감면 업종을 경영하는 중소기업에 2028년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장 소득세의 일정 비율을 감면해요. ²

감면 업종에는 「의료법」에 따른 의료기관 운영 사업이 있는데, 의원·치과의원·한의원은 그 과세연도 수입금액(기업회계기준 매출액)에서 국민건강보험법 제47조에 따른 요양급여비용이 차지하는 비율이 100분의 80 이상이고 종합소득금액이 1억원 이하인 경우에만 의료업으로 봐요. ²

감면 비율은 소기업이 의료업을 경영하는 사업장 100분의 10, 중기업(소기업을 제외한 중소기업)이 수도권 외의 지역에서 의료업을 경영하는 사업장 100분의 5이고, 수도권 중기업의 의료업 비율은 없어요. ²

소기업은 중소기업 중 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용해 산정한 규모 기준 이내인 기업이에요. ¹¹

감면 한도는 1억원이고, 상시근로자 수가 직전 과세연도에 비해 줄면 1억원에서 감소 인원 1명당 5백만원씩 뺀 금액이며, 계산값이 음수이면 0원으로 해요. ²

과세연도 개시일 현재 10년 이상 같은 업종을 계속 경영했고 종합소득금액이 1억원 이하이며 법정 성실사업자 요건을 갖추면 감면 비율에 100분의 110을 곱해요. ²

법정 성실사업자는 사업용계좌 신고 등 요건을 갖춘 소득세법상 성실사업자로서, 신고 수입금액이 직전 3개 과세기간 연평균의 100분의 50을 초과하는 등 조세특례제한법 요건도 갖춘 사람이에요. ^{12, 13}

감면을 받으려면 과세표준신고와 함께 세액감면신청서를 납세지 관할세무서장에게 내야 해요. ^{2, 11}

소득세를 감면받은 사업자는 감가상각비를 계산해 필요경비로 계상(그 과세기간의 비용으로 장부에 반영)해야 해요. ¹⁰

고용 공제는 인원 계산과 추징 조건을 함께 봐요

통합고용세액공제는 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지, 상시근로자 수가 직전 3개 과세연도(2024년 12월 31일 이전에 개시한 과세연도는 제외) 중 1개 이상 과세연도에 비해 늘어난 경우 사업소득에 대한 소득세에서 공제해요. ³

개인 의원의 2026년 과세연도에 이 규정을 적용할 때는 2024년 12월 31일 이전에 개시한 과세연도를 제외하므로, 직전 3개 과세연도 중 2025년 과세연도만 비교 대상에 남아요. ³

소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외해요. ³

중소기업은 청년 정규직·장애인·60세 이상·경력단절 근로자 등(청년등상시근로자)의 증가 인원에 직전 과세연도 대비 1명당 700만원, 전전 과세연도 대비 1,600만원, 전전전 과세연도 대비 1,700만원을 각각 곱해 모두 더해요(수도권 밖은 1,000만원·1,900만원·2,000만원). ³ 직전 대비는 해당 연도 인원에서 직전 연도 인원을 빼요. 전전 대비는 해당·직전 연도 인원 중 적은 수에서 전전 연도 인원을, 전전전 대비는 해당·직전·전전 연도 인원 중 가장 적은 수에서 전전전 연도 인원을 빼요. ³

청년등상시근로자와 그 밖의 상시근로자의 증가 인원은 각각 전체 상시근로자 증가 인원 수를 한도로 해요. 각 계산식의 금액이 음수이면 0으로 봐요. ³

그 밖의 상시근로자는 같은 방식으로 400만원·900만원·1,000만원(수도권 밖 700만원·1,200만원·1,300만원)을 곱해 더해요. ³

정규직 근로자로의 전환 공제는 2024년 1월 1일부터 2024년 12월 31일까지 전환한 인원에만 적용해요. ³

육아휴직 복귀자 공제는 중소기업이 법정 요건을 모두 갖춘 사람을 2026년 12월 31일까지 복직시키면 1명당 1,300만원이고, 자녀 1명당 한 차례만 적용해요. 해당 기업에서 1년 이상 근무한 사실이 근로소득세 원천징수로 확인되고, 육아휴직이 연속 6개월 이상이어야 하며, 대표자나 법정 특수관계인 등은 제외돼요. 중견기업은 1명당 900만원이에요. ³

두 공제 모두 그 과세연도 상시근로자 수가 직전 과세연도에 비해 줄면 공제하지 않아요. ³

두 공제를 받은 뒤 전환일·복직일부터 2년이 지나기 전에 그 근로자와 근로관계를 끝내면, 공제받은 세액 상당액(이월된 미공제액은 빼요)을 소득세로 납부해야 해요. ³

현행 제29조의8 제3항은 내용 없이 삭제 표시와 개정일 2025년 12월 23일이 적혀 있어요. ³

작성 제안: 삭제 전 그 항의 내용과 이미 공제받은 과세연도에 적용되는 경과규정은 세무대리인에게 해당 부칙을 문의해 확인해요.

추계는 장부나 증명서류로 소득금액을 계산할 수 없을 때 대통령령으로 정하는 방법으로 소득금액을 추정해 정하는 것이에요. ¹⁴

추계를 하는 경우에는 통합고용세액공제를 적용하지 않아요. ⁶

그 해 납부할 세액이 없거나 최저한세액에 미달해 공제받지 못한 부분은 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도로 이월해 공제해요. ⁷

소득세 최저한세액은 제132조제2항에 열거된 감면 등을 적용할 때의 하한이에요. 사업소득 산출세액(해당 항의 손금산입·소득공제 등 전)에 100분의 45를 곱하되, 산출세액 3천만원 이하 부분에는 100분의 35를 적용해요. ¹⁶

중복 공제 제한과 성실신고 확인비용 공제를 확인해요

같은 사업장에 같은 과세연도에 제6조·제7조 등 감면 규정이 둘 이상 적용될 수 있으면 그중 하나만 선택해 적용받아요. ⁵

같은 과세연도에 제6조·제7조 등의 감면과 제24조·제26조 등 열거된 공제가 동시에 적용될 수 있으면 하나만 선택하는데, 그 공제 목록에 제29조의8은 들어 있지 않아요. ⁵

작성 제안: 중소기업 특별세액감면과 통합고용세액공제를 함께 받을 수 있는지는 이 조문 구조를 근거로 세무대리인과 확인해요.

제29조의8제1항은 제29조의7이나 제30조의4에 따른 공제를 받지 않은 경우에만 적용해요. ⁵

성실신고확인대상사업자가 확인서를 제출하면 확인에 직접 사용한 비용의 100분의 60을 사업소득 소득세에서 공제해요. 개인사업자의 공제 한도는 시행령에 따라 120만원이에요. ^{4, 17}

과소 신고한 사업소득금액이 경정(수정신고 포함)된 금액의 100분의 10 이상이어서 공제액을 추징당하면, 경정일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 3개 과세연도 동안 이 공제를 하지 않아요. ⁴

결정은 신고하지 않은 사람의 과세표준과 세액을 세무서장 등이 정하는 것, 경정은 신고 내용의 탈루·오류를 고쳐 정하는 것이에요. ¹⁴

기한 후 신고는 법정신고기한을 넘긴 사람이 세무서장의 결정 통지 전에 내는 신고예요. ¹⁵

경정을 하거나(제128조제4항 각 호 사유로 하는 경정은 이 규정에서 제외), 경정을 미리 알고 수정신고한 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액에 대해 제6조·제7조 감면을 적용하지 않아요. ⁶

흔한 실수

• 의원도 창업중소기업 감면을 받는다고 가정하는 실수: 제6조 업종 목록에는 보건업·의료업 항목이 없어요. ¹
• 수도권 중기업 의원도 제7조 감면을 받는다고 보는 실수: 의료업 감면 비율은 소기업 100분의 10, 수도권 외의 지역 중기업 100분의 5만 정해져 있어요. ²
• 카드 결제·현금영수증 발급을 거부하는 실수: 신용카드 거래나 현금영수증 발급 요청을 거부하거나 사실과 다르게 발급해 횟수·금액 등 대통령령 기준에 해당하면 그 과세기간 그 사업장에 제6조·제7조 감면을 적용하지 않아요. ⁶
• 비급여가 늘었는데 제7조 감면을 그대로 신청하는 실수: 요양급여비용 비율 80% 이상과 종합소득금액 1억원 이하를 해마다 맞춰야 해요. ²
• 사업용계좌 신고를 놓치는 실수: 정당한 사유가 없으면 그 과세기간 그 사업장에 제6조·제7조 감면을 적용하지 않아요. ⁶
• 추계로 신고하면서 고용 공제를 기대하는 실수: 추계 시에는 통합고용세액공제를 적용하지 않아요. ⁶

근거 조문

조세특례제한법 제7조제1항제1호허목(의료업)

허. 「의료법」에 따른 의료기관을 운영하는 사업[의원ㆍ치과의원 및 한의원은 해당 과세연도의 수입금액(기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에서 「국민건강보험법」 제47조에 따라 지급받는 요양급여비용이 차지하는 비율이 100분의 80 이상으로서 해당 과세연도의 종합소득금액이 1억원 이하인 경우에 한정한다. 이하 이 조에서 "의료업"이라 한다]

조세특례제한법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면) 제3항 각 호 외의 부분

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 다음 각 호의 업종을 경영하는 중소기업으로 한다.

조세특례제한법 제128조(추계과세 시 등의 감면배제) 제4항제1호·제2호

1. 「소득세법」 제160조의5제3항에 따라 사업용계좌를 신고하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우
2. 「소득세법」 제162조의3제1항 또는 「법인세법」 제117조의2제1항에 따라 현금영수증가맹점으로 가입하여야 할 사업자가 이를 이행하지 아니한 경우

조세특례제한법 제127조(중복지원의 배제) 제4항 단서

다만, 제6조에 따라 소득세 또는 법인세를 감면받는 경우에는 제29조의7 또는 제29조의8을 동시에 적용하지 아니한다.

조세특례제한법 제29조의8제1항 본문·단서

① 내국인(소비성서비스업 등 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 내국인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)의 2026년 12월 31일이 속하는 과세연도부터 2028년 12월 31일이 속하는 과세연도까지의 기간 중 해당 과세연도의 대통령령으로 정하는 상시근로자(이하 이 조에서 "상시근로자"라 한다)의 수가 직전 3개 과세연도(2024년 12월 31일 이전에 개시한 과세연도는 제외한다) 중 1개 이상 과세연도의 상시근로자의 수보다 증가한 경우에는 제1호의 금액과 제2호의 금액을 더한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 중소기업이 아닌 내국인은 해당 과세연도에 대통령령으로 정하는 고용증가 인원 수(이하 이 조에서 "최소고용증가인원수"라 한다)를 초과하여 상시근로자의 수가 증가한 경우에만 공제하며, 그 공제 금액은 제1호의 금액과 제2호의 금액을 더한 금액에서 제3호의 금액을 뺀 금액으로 한다. <개정 2025.12.23>

조세특례제한법 제144조(세액공제액의 이월공제) 제1항

공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 10년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여

조세특례제한법 시행령 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면) 제4항

④ 법 제7조제1항제2호가목에서 "대통령령으로 정하는 소기업"이란 중소기업 중 매출액이 업종별로 「중소기업기본법 시행령」 별표 3을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업을 말한다. 이 경우 "평균매출액등"은 "매출액"으로 본다.

소득세법 시행령 제133조(성실신고확인서 제출) 제1항제3호

3. 법 제45조제2항에 따른 부동산 임대업, 부동산업(제122조제1항에 따른 부동산매매업은 제외한다), 전문ㆍ과학 및 기술 서비스업, 사업시설관리ㆍ사업지원 및 임대서비스업, 교육 서비스업, 보건업 및 사회복지 서비스업, 예술ㆍ스포츠 및 여가관련 서비스업, 협회 및 단체, 수리 및 기타 개인 서비스업, 가구내 고용활동: 5억원

조세특례제한법 제126조의6제2항·제3항

② 제1항을 적용받은 성실신고확인대상자가 해당 과세연도의 사업소득금액(법인인 경우에는 「법인세법」 제13조에 따른 과세표준을 말한다. 이하 이 조에서 "사업소득금액등"이라 한다)을 과소 신고한 경우로서 그 과소 신고한 사업소득금액등이 경정(수정신고로 인한 경우를 포함한다)된 사업소득금액등의 100분의 10 이상인 경우에는 제1항에 따라 공제받은 금액에 상당하는 세액을 전액 추징한다. <개정 2017.12.19>
③ 제2항에 따라 사업소득금액등이 경정된 성실신고확인대상자에 대해서는 경정일이 속하는 과세연도의 다음 과세연도부터 3개 과세연도 동안 성실신고 확인비용에 대한 세액공제를 하지 아니한다. <개정 2014.12.23, 2017.12.19>

조세특례제한법 시행령 제121조의6(성실신고 확인비용에 대한 세액공제) 제1항

① 법 제126조의6제1항 단서에 따른 공제세액의 한도는 다음 각 호의 구분에 따른다. <개정 2018.2.13>
1. 「소득세법」 제70조의2제1항에 따른 성실신고확인대상사업자의 경우: 120만원
2. 「법인세법」 제60조의2제1항에 따른 성실신고확인대상 내국법인의 경우: 150만원

출처

1. 법제처 국가법령정보센터 · 조세특례제한법 제6조(창업중소기업 등에 대한 세액감면)
2. 법제처 국가법령정보센터 · 조세특례제한법 제7조(중소기업에 대한 특별세액감면)
3. 법제처 국가법령정보센터 · 조세특례제한법 제29조의8(통합고용세액공제)
4. 법제처 국가법령정보센터 · 조세특례제한법 제126조의6(성실신고 확인비용에 대한 세액공제)
5. 법제처 국가법령정보센터 · 조세특례제한법 제127조(중복지원의 배제)
6. 법제처 국가법령정보센터 · 조세특례제한법 제128조(추계과세 시 등의 감면배제)
7. 법제처 국가법령정보센터 · 조세특례제한법 제144조(세액공제액의 이월공제)
8. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제70조의2(성실신고확인서 제출)
9. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 시행령 제133조(성실신고확인서 제출)
10. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 시행령 제68조(감가상각의 의제)
11. 법제처 국가법령정보센터 · 조세특례제한법 시행령 제6조(중소기업에 대한 특별세액감면)
12. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제59조의4(특별세액공제) 제9항
13. 법제처 국가법령정보센터 · 조세특례제한법 제122조의3(성실사업자에 대한 의료비 등 공제) 제1항
14. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제80조(결정과 경정)
15. 법제처 국가법령정보센터 · 국세기본법 제45조의3(기한 후 신고)
16. 법제처 국가법령정보센터 · 조세특례제한법 제132조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제) 제2항
17. 법제처 국가법령정보센터 · 조세특례제한법 시행령 제121조의6(성실신고 확인비용에 대한 세액공제)