3.4.6 권리금·포괄양수도·납세책임

원문 대조·이중 검수 2026-11-01

요약

의원 인수는 사업의 승계 범위, 양수인의 납세책임, 영업권 지급 시 원천징수를 나누어 검토해요. ^{1, 2, 3, 4, 5, 6}

꼭 기억할 것

• 국세기본법상 사업양수인의 제2차 납세의무 대상은 포괄승계자 중 특수관계인 또는 조세회피 목적의 양수인이에요. ^{3, 4}
• 국내에서 거주자에게 영업권 대가를 지급하고 그 대가가 기타소득에 해당하면 지급자가 소득세를 원천징수해야 해요. ^{5, 6}

인수대금의 이름보다 대상을 나눠요

작성 제안: 복식부기의무자는 거래를 복식부기 방식으로 장부에 기록할 의무가 있는 사업자예요.

작성 제안: 권리금 계약을 읽을 때는 무엇을 받는 대가인지부터 구분해요.

소득세법은 영업권을 양도하거나 빌려주고 받는 대가를 기타소득 항목으로 규정해요. ⁵

기타소득은 사업소득이나 양도소득 등에 해당하는 소득과 구분하므로, 계약에 권리금이라고 적었다는 이유만으로 모든 대금을 같은 소득으로 처리하지 않아요. ⁵

작성 제안: 인수대금표에 영업권, 장비·시설, 임차보증금 정산을 따로 적어요.

작성 제안: 일반내과·소화기내과의 내시경 장비나 이비인후과의 검사 장비는 품목과 소유관계 자료를 함께 묶어 두어요.

작성 제안: 보증금은 반환채권의 승계인지 별도 지급인지 계약 구조를 기록해요.

작성 제안: 이 표는 세액을 확정하는 표가 아니라 거래별 판정을 의뢰하는 자료로 사용해요.

장비·시설 대금은 영업권 대가와 다른 소득 규정도 검토해야 해요. ^{5, 10}

소득세법은 복식부기의무자가 법정 사업용 유형자산을 양도하여 얻은 소득을 사업소득에 포함하되, 법정 양도소득에 해당하는 경우는 제외해요. ¹⁰

따라서 장비 대금에 영업권 기타소득의 필요경비 비율을 그대로 적용하지 않아요. ^{5, 9, 10}

작성 제안: 보증금 정산은 계약서·임대차 자료를 함께 놓고 별도로 판정을 의뢰해요.

사업에 쓰는 토지·건물이나 제94조제1항제2호의 부동산 권리와 함께 양도하는 영업권은 양도소득에 포함돼요. ¹⁴

포괄양수도는 실제 승계 범위로 검토해요

의사가 제공하는 의료보건 용역은 시행령의 면세 범위에 속하지만, 요양급여 대상에서 제외되는 열거된 성형수술·피부 관련 시술 등은 면세에서 제외돼요. ^{12, 13}

작성 제안: 과세 진료 등이 있는 의원의 인수에서는 과세분을 구분하여 사업 양도와 부가세 처리를 검토해요.

포괄양수도는 사업에 관한 권리와 의무를 통째로 넘기는 거래를 말해요. ²

부가세법은 대통령령에서 정한 사업 양도를 재화의 공급으로 보지 않아요. ¹

다만 양수인이 대가 지급 때 부가세를 징수하여 납부하는 법정 대리납부의 경우는 예외예요. ¹

작성 제안: 면세 여부를 먼저 확인하고, 부가세 과세분이 있는 거래에서는 사업 양도 해당 여부와 대리납부 적용 여부를 함께 검토해요.

시행령은 사업장별로 모든 권리와 의무를 포괄승계하는 구조를 정해요. ²

미수금·미지급금과 재정경제부령에서 정한 사업에 직접 관련 없는 토지·건물 등을 빼고 넘겨도 포괄승계로 봐요. ²

양수 후 업종을 추가하거나 바꾸는 경우도 규정에 포함돼요. ²

작성 제안: 승계 목록과 제외 목록을 별첨하고, 장비만 사는 거래와 사업 전체를 넘겨받는 거래를 구분해 검토를 요청해요.

사업 양수자는 사업 양도에 해당하는지 분명하지 않은 경우를 포함하여, 대가 지급 때 부가세를 징수해 지급일이 속한 달의 다음 달 25일까지 납부할 수 있어요. ¹⁵

제2차 납세의무는 단계별 요건을 읽어요

작성 제안: 강제징수비는 세금을 강제로 거두는 절차에 드는 비용이에요. 특수관계인은 친족·경제적 관계·경영지배 관계 등 법령이 정한 관계에 있는 사람이에요.

작성 제안: 개별 해당 여부는 별도 조문으로 확인해요.

제2차 납세의무는 원래 납세자의 재산으로 충당하지 못한 세금을 법에서 정한 다른 사람이 부담하는 책임이에요. ³

사업양수인의 경우에는 양도일 이전에 납세의무가 확정된 해당 사업의 국세와 강제징수비가 대상이에요. ³

양도인의 재산으로 충당해도 부족해야 하며, 책임 한도는 양수한 재산의 가액이에요. ³

여기에 시행령의 대상 제한이 더해져요. ⁴

미수금·미지급금을 제외한 사업의 권리와 의무를 포괄승계한 사람 중 양도인과 특수관계에 있거나, 양도인의 조세회피를 목적으로 사업을 양수한 사람이 대상이에요. ⁴

모든 의원 인수자가 양도인의 체납을 자동으로 떠안는다는 설명은 이 제한을 빠뜨린 설명이에요. ^{3, 4}

작성 제안: 거래 관계, 양도 목적, 세금 확정 시점, 양수재산 평가자료를 함께 준비해 검토에 활용해요.

여러 사업장 중 하나를 양수하면 그 사업장 관련 국세·강제징수비에 한해 책임지며, 공통분의 배분액도 포함돼요. ¹⁶ 양수재산 가액은 지급했거나 지급할 금액으로 하되, 금액이 없거나 불분명하면 법정 평가 자산총액에서 부채총액을 빼요. ¹⁶ 지급액과 시가 차이가 3억 원 이상이거나 시가의 30% 이상이면 지급액과 법정 평가액 중 큰 금액을 적용해요. ¹⁶

영업권 원천징수와 지급표를 맞춰요

원천징수는 소득을 지급하는 사람이 세금을 미리 떼어 납부하는 방식이에요. ^{6, 7}

국내에서 거주자에게 지급하는 영업권 대가가 기타소득이면 지급자가 원천징수해야 해요. ^{5, 6}

영업권 같은 그 밖의 기타소득(제129조제1항제6호라목)은 기타소득금액에 20%를 적용해 소득세를 원천징수해요. ^{8, 11}

영업권에 해당하는 법정 기타소득의 필요경비는 받은 금액의 60%이며, 실제 필요경비가 이를 넘으면 초과분도 포함해요. ⁹

따라서 실제 경비가 법정 비율을 넘지 않는다는 전제에서 소득세 계산식은 영업권 대가 × (1−60%) × 20%예요. ^{5, 8, 9, 11}

작성 제안: 이 계산식을 지방소득세까지 합친 최종 지급세액표로 사용하지 않아요.

원천징수 소득세 납부는 원칙적으로 징수한 달의 다음 달 10일까지예요. ⁷ 법정 반기납부 대상자는 제128조제2항 각 호의 제외 세액을 뺀 원천징수세액을 징수일이 속한 반기의 마지막 달의 다음 달 10일까지 납부할 수 있어요. ⁷

작성 제안: 잔금표에는 계약총액, 원천징수 검토액, 실제 송금액을 나누어 적으면 좋아요.

작성 제안: 반기납부는 상반기·하반기 단위로 모아 납부하는 방식이에요.

흔한 실수

• 작성 제안: 포괄양수도라는 계약명만으로 부가세 처리를 끝내지 말고 승계 범위와 대리납부 예외를 대조해요.
• 작성 제안: 인수자에게 납세책임이 항상 생긴다고 설명하지 말고 시행령의 관계·목적 요건을 함께 읽어요.

근거 조문

부가가치세법 시행령 제23조

제23조(재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도) 법 제10조제9항제2호 본문에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 사업장별(「상법」에 따라 분할하거나 분할합병하는 경우에는 같은 사업장 안에서 사업부문별로 구분하는 경우를 포함한다)로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것(「법인세법」 제46조제2항 또는 제47조제1항의 요건을 갖춘 분할의 경우 및 양수자가 승계받은 사업 외에 새로운 사업의 종류를 추가하거나 사업의 종류를 변경한 경우를 포함한다)을 말한다. 이 경우 그 사업에 관한 권리와 의무 중 다음 각 호의 것을 포함하지 아니하고 승계시킨 경우에도 그 사업을 포괄적으로 승계시킨 것으로 본다. <개정 2014.2.21, 2018.2.13, 2025.12.30>
1. 미수금에 관한 것
2. 미지급금에 관한 것
3. 해당 사업과 직접 관련이 없는 토지ㆍ건물 등에 관한 것으로서 재정경제부령으로 정하는 것

국세기본법 시행령 제22조

제22조(사업의 양도ㆍ양수의 범위) 법 제41조제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업의 양수인"이란 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리(미수금에 관한 것은 제외한다)와 모든 의무(미지급금에 관한 것은 제외한다)를 포괄적으로 승계한 자로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 말한다. <개정 2019.2.12>
1. 양도인과 특수관계인인 자
2. 양도인의 조세회피를 목적으로 사업을 양수한 자

국세기본법 제41조 제1항

① 사업이 양도ㆍ양수된 경우에 양도일 이전에 양도인의 납세의무가 확정된 그 사업에 관한 국세 및 강제징수비를 양도인의 재산으로 충당하여도 부족할 때에는 대통령령으로 정하는 사업의 양수인은 그 부족한 금액에 대하여 양수한 재산의 가액을 한도로 제2차 납세의무를 진다. <개정 2018.12.31, 2020.12.22>

소득세법 제21조 제1항제7호

7. 광업권ㆍ어업권ㆍ양식업권ㆍ산업재산권ㆍ산업정보, 산업상 비밀, 상표권ㆍ영업권(대통령령으로 정하는 점포 임차권을 포함한다), 토사석(土砂石)의 채취허가에 따른 권리, 지하수의 개발ㆍ이용권, 그 밖에 이와 유사한 자산이나 권리를 양도하거나 대여하고 그 대가로 받는 금품

소득세법 제129조 제1항제6호

6. 기타소득에 대해서는 다음에 규정하는 세율. 다만, 제8호를 적용받는 경우는 제외한다.
가. 제14조제3항제8호라목 및 마목에 해당하는 소득금액이 3억원을 초과하는 경우 그 초과하는 분에 대해서는 100분의 30
나. 제21조제1항제18호 및 제21호에 따른 기타소득에 대해서는 100분의 15
다. 삭제 <2014.12.23>
라. 그 밖의 기타소득에 대해서는 100분의 20

소득세법 시행령 제87조 제1호의2

1의2. 법 제21조제1항제7호ㆍ제8호의2ㆍ제9호ㆍ제15호 및 제19호의 기타소득에 대해서는 거주자가 받은 금액의 100분의 60에 상당하는 금액을 필요경비로 한다. 다만, 실제 소요된 필요경비가 거주자가 받은 금액의 100분의 60에 상당하는 금액을 초과하면 그 초과하는 금액도 필요경비에 산입한다.

소득세법 제128조

제128조(원천징수세액의 납부)
① 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 대통령령으로 정하는 바에 따라 원천징수 관할 세무서, 한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. <개정 2010.12.27, 2020.12.29, 2022.12.31, 2024.12.31>
② 상시고용인원 수 및 업종 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 원천징수의무자는 제1항에도 불구하고 다음 각 호의 원천징수세액 외의 원천징수세액을 그 징수일이 속하는 반기의 마지막 달의 다음 달 10일까지 납부할 수 있다. <개정 2010.12.27, 2020.12.29, 2024.12.31>
1. 「법인세법」 제67조에 따라 처분된 상여ㆍ배당 및 기타소득에 대한 원천징수세액
2. 「국제조세조정에 관한 법률」 제13조 또는 제22조에 따라 처분된 배당소득에 대한 원천징수세액
3. 제156의5제1항 및 제2항에 따른 원천징수세액

소득세법 제145조 제1항

① 원천징수의무자가 기타소득을 지급할 때에는 그 기타소득금액에 원천징수세율을 적용하여 계산한 소득세를 원천징수한다.

부가가치세법 제26조 제1항제5호

5. 의료보건 용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령으로 정하는 것과 혈액(치료ㆍ예방ㆍ진단 목적으로 조제한 동물의 혈액을 포함한다)

부가가치세법 시행령 제35조 제1호(본문·단서·가목·나목)

1. 「의료법」에 따른 의사, 치과의사, 한의사, 조산사 또는 「간호법」에 따른 간호사가 제공하는 용역. 다만, 「국민건강보험법」 제41조제4항에 따라 요양급여의 대상에서 제외되는 다음 각 목의 진료용역은 제외한다.
가. 쌍꺼풀수술, 코성형수술, 유방확대ㆍ축소술(유방암 수술에 따른 유방 재건술은 제외한다), 지방흡인술, 주름살제거술, 안면윤곽술, 치아성형(치아미백, 라미네이트와 잇몸성형술을 말한다) 등 성형수술(성형수술로 인한 후유증 치료, 선천성 기형의 재건수술과 종양 제거에 따른 재건수술은 제외한다)과 악안면 교정술(치아교정치료가 선행되는 악안면 교정술은 제외한다)
나. 색소모반ㆍ주근깨ㆍ흑색점ㆍ기미 치료술, 여드름 치료술, 제모술, 탈모치료술, 모발이식술, 문신술 및 문신제거술, 피어싱, 지방융해술, 피부재생술, 피부미백술, 항노화치료술 및 모공축소술

소득세법 제94조 (해당 근거 발췌)

가. 사업에 사용하는 제1호 및 제2호의 자산과 함께 양도하는 영업권(영업권을 별도로 평가하지 아니하였으나 사회통념상 자산에 포함되어 함께 양도된 것으로 인정되는 영업권과 행정관청으로부터 인가ㆍ허가ㆍ면허 등을 받음으로써 얻는 경제적 이익을 포함한다)

부가가치세법 제52조 (해당 근거 발췌)

④ 제10조제9항제2호 본문에 따른 사업의 양도(이에 해당하는지 여부가 분명하지 아니한 경우를 포함한다)에 따라 그 사업을 양수받는 자는 그 대가를 지급하는 때에 같은 호 본문 및 제31조에도 불구하고  그 대가를 받은 자로부터 부가가치세를 징수하여 그 대가를 지급하는 날이 속하는 달의 다음 달 25일까지 제49조제2항을 준용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 사업장 관할 세무서장에게 납부할 수 있다. <신설 2014.1.1, 2016.12.20, 2017.12.19, 2018.12.31>

국세기본법 시행령 제23조 (해당 근거 발췌)

제23조(사업양수인의 제2차 납세의무의 한도)
① 법 제41조제1항에 따른 사업의 양도인에게 둘 이상의 사업장이 있는 경우에 하나의 사업장을 양수한 자의 제2차 납세의무는 양수한 사업장과 관계되는 국세 및 강제징수비(둘 이상의 사업장에 공통되는 국세 및 강제징수비가 있는 경우에는 양수한 사업장에 배분되는 금액을 포함한다)에 대해서만 진다. <개정 2019.2.12, 2021.2.17>
② 법 제41조제2항에서 "양수한 재산의 가액"이란 다음 각 호의 가액을 말한다.
1. 사업의 양수인이 양도인에게 지급하였거나 지급하여야 할 금액이 있는 경우에는 그 금액
2. 제1호에 따른 금액이 없거나 불분명한 경우에는 양수한 자산 및 부채를 「상속세 및 증여세법」 제60조부터 제66조까지의 규정을 준용하여 평가한 후 그 자산총액에서 부채총액을 뺀 가액
③ 제2항에도 불구하고 같은 항 제1호에 따른 금액과 시가의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 30에 상당하는 금액 이상인 경우에는 같은 항 제1호의 금액과 제2호의 금액 중 큰 금액으로 한다.

출처

1. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제10조(재화 공급의 특례)
2. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 시행령 제23조(재화의 공급으로 보지 아니하는 사업 양도)
3. 법제처 국가법령정보센터 · 국세기본법 제41조(사업양수인의 제2차 납세의무)
4. 법제처 국가법령정보센터 · 국세기본법 시행령 제22조(사업의 양도ㆍ양수의 범위)
5. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제21조(기타소득)
6. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제127조(원천징수의무)
7. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제128조(원천징수세액의 납부)
8. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제129조(원천징수세율)
9. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 시행령 제87조(기타소득의 필요경비계산)
10. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제19조(사업소득)
11. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제145조(기타소득에 대한 원천징수시기와 방법 및 원천징수영수증의 발급)
12. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세)
13. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 시행령 제35조(면세하는 의료보건 용역의 범위)
14. 법제처 국가법령정보센터 · 소득세법 제94조(양도소득의 범위)
15. 법제처 국가법령정보센터 · 부가가치세법 제52조(대리납부)
16. 법제처 국가법령정보센터 · 국세기본법 시행령 제23조(사업양수인의 제2차 납세의무의 한도)